XML1 y 2 es un mal necesario. Se ha convertido en un estandard de facto para almacenar y transmitir información entre todo tipo de sistemas en formato texto y fiable.
Java tiene muchas librerías para trabajar con XML. JAVA propone dos modelos SAX y DOM. A partir de los cuales tu puedes tabajar con XML como quieras.
Por otra parte es mucho más cómodo trabajar con alguna librería que haga el trabajo sucio por ti. Yo estoy usando JDOM pero hay muchas