La forma mas fácil es bajarte el paquete de demo y después redireccionar las conexiones. Por defecto el paquete viene configurado contra hsqldb por lo que habrá que cambiar esas conexiones por otras que apunten a tu mysql.
Los ficheros de configuración ( en pentaho 3) son 3:
…/pentaho/META-INF/context.xml : Aqui se definen las conexiones que utiliza la aplicación web. Básicamente hibernate y quartz.
…/pentaho-solutions/system/hibernate/hibernate-settings.xml :Aqui se configura la conexión a hibernate que utilizará nuestra solución. Básicamente hay que decirle que cambie el fichero de configuración hsql.hibernate.cfg.xml por mysql.hibernate.cfg.xml y una vez hecho esto configurar mysql.hibernate.cfg.xml
…/pentaho-solutions/system/applicationContext-acegi-security-hibernate.properties : Aqui se configura la autentificación de los usuarios.
Seguramente te hará falta el export de la base de datos de ejemplos :sampledata